Avogadro:una struttura di calcolo e visualizzazione per la chimica quantistica

Traduzione in lingua italiana del poster “Avogadro: A framework for quantum chemistry simulation and visualization”, di Marcus D. Hanwell (mdh55@pitt.edu), Donald E. Curtis e Georey R. Hutchinson, un interessante manifesto che serve quale presentazione del software open source destinato al calcolo ed alla visualizzazione di strutture chimiche quantistiche. Il testo italiano è stato redatto dal dr. Tiziano Vendrame, appartenente all'Ordine dei Chimici di Treviso, e da costui posto liberamente a disposizione degli interessati.

Oltre che per gli specialisti, il poster che presentiamo può essere uno spunto per illustrare un'applicazione del software libero in settori della ricerca scientifica di punta.....

La chimica e le discipline correlate (biochimica, scienza dei materiali,...) fanno un largo uso di software per la cosiddetta grafica molecolare, finalizzata non tanto alla semplice rappresentazione grafica delle strutture molecolari, quanto al calcolo di proprietà molecolari sempre più complesse (strutture più stabili, interazioni con il solvente o altre molecole, struttura elettronica ecc.), che sono utili a comprendere meglio il comportamento di molecole già  note, o di prevedere le proprietà di composti che non sono ancora stati preparati, o che sono difficilmente accessibili.

Un uso ormai routinario di alcuni programmi di simulazione è il calcolo di proprietà spettroscopiche, utili per agevolare l'identificazione di nuove molecole con specifiche tecniche analitiche, e quindi semplificare l'attività  pratica nel vero laboratorio.

Oltre a software commerciali, in questo settore c'è un vivace sviluppo di numerosi programmi Open Source, dedicati ai diversi sistemi operativi.

Il poster illustra il Progetto Avogadro, che si propone di creare una piattaforma per la grafica molecolare indipendente dal sistema operativo, sulla quale si possono inserire come plugin programmi specializzati (Open o commerciali) dedicati alle specifiche applicazioni.

E' stato presentato al meeting dell'American Chemical Society di agosto 2008 a Filadelfia.

Il Progetto viene illustrato dettagliatamente nel sito http://avogadro.openmolecules.net/

Uno degli autori (Marcus D. Hanwell) cura anche un blog (http://blog.cryos.net/) dedicato allo sviluppo del progetto, con aggiornamenti continui.

Al di lą del settore specifico, il Progetto puņ essere un esempio interessante, in termini generali, per la struttura modulare, espandibile, indipendente dal sistema operativo, e per l'uso di una grafica vettoriale di alta qualità (basta ingrandire le immagini per rendersene conto).

Tutti coloro che sono interessati a questa traduzione possono ora scaricarla in formato .pdf per Acrobat Reader e affini cliccando sul seguente collegamento (chiedere per altri formati):

Invito inoltre gli “scaricatori” del manuale a lasciare un messaggio nel sottostante guestbook.

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